Życiorys abp. Henryka Muszyńskiego

1. Dzieciństwo i młodość

Urodził się 20 marca 1933 r. w Kościerzynie jako trzecie dziecko Państwa Marii i Franciszka Muszyńskich. Ojciec pracował jako urzędnik w Starostwie w Kościerzynie a matka zajmowała się pracą w domu.

Wzrastał w czasach trudnych. Druga wojna światowa odbierała często radość spokojnego dzieciństwa, a okres powojenny, naznaczony głębokim stalinizmem, dawał się nie jeden raz we znaki. Z domu rodzinnego wyniósł bardzo wiele. Wychowywany był w atmosferze głęboko religijnej. Zarówno ojciec jak i matka starali się przekazać swoim dzieciom miłość do Boga, Kościoła i Ojczyzny.

1 września 1939 roku, który miał być pierwszym dniem szkolnym, zbiegł się z początkiem II wojny światowej. Przygotowany do szkoły tornister posłużył do spakowania najkonieczniejszych rzeczy w czasie ucieczki przed zbliżającym się frontem niemieckim. Bliskość granicy niemieckiej sprawiła, że cała rodzina została ewakuowana poprzez Warszawę, Lublin, Chełm Lubelski aż do samego Bugu. Ojciec musiał wybierać pomiędzy okupacją radziecką a niemiecką. Wstrząsające wieści, które docierały ze wschodniej strony Bugu, sprawiły, że rodzina nie zdecydowała się na jego przekroczenie końmi otrzymanymi od polskiego wojska. Matka wróciła wraz z dziećmi do swojej rodzinnej wioski Wysin niedaleko Kościerzyny. Tutaj pozostali przez całą okupację. Ojciec ukrywał się w początkach wojny aż do czasu zakończenia akcji specjalnych, których owocem było wymordowanie prawie całej inteligencji polskiej na Pomorzu. Dostęp do szkoły, nawet podstawowej, był w czasie wojny dla ludności polskiej bardzo ograniczony. Stąd pierwsze lata po wojnie poświęcił głównie nadrobieniu w systemie przyspieszonym braków z zakresu szkoły podstawowej, by w roku 1947 rozpocząć edukację w Państwowym Gimnazjum i Liceum im. Józefa Wybickiego w Kościerzynie.

2. Studia

Po zdaniu matury w 1951 roku idąc za głosem powołania wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego w Pelplinie, gdzie odbywał w latach 1951-1957 studia filozoficzno-teologiczne. W czasie przygotowania do kapłaństwa, gdy był na trzecim roku studiów, umarł mu ojciec. Stąd w okresie wakacji musiał często podejmować pracę, by zarobić na opłacenie seminarium i mieć pieniądze na zakupienie potrzebnych książek. Ziemskim życiem matki cieszył się dłużej, bo aż do 1984 r.

Kapłańskie święcenia przyjął 28 kwietnia 1957 roku w Bazylice Katedralnej w Pelplinie z rąk Księdza Biskupa Kazimierza Kowalskiego. Po święceniach otrzymał pierwszy dekret powołujący Go do pracy w charakterze wikariusza w parafii św. Józefa w Gdyni - Leszczynkach. W seminarium i w pracy parafialnej dał się poznać jako zdolny, ambitny i pracowity człowiek. Jako zdolnego młodego człowieka skierowano Go w 1960 roku na studia biblijne do Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, które w roku 1963 ukończył licencjatem z teologii pracą na temat „Zwrot czynić prawdę w pismach św. Jana”. Kolejny etap studiów to Papieski Instytut Biblijny w Rzymie, gdzie studiował biblistykę. W roku 1964 obronił w Rzymie licencjat z nauk biblijnych na podstawie pracy „Barabbas – oder Jesus – Barabbas? Textkritische Untersuchung zur Authentizität von Mt 27,16-17”. Następnie w latach 1965-1967 studiował we Franciszkańskim Instytucie Biblijnym w Jerozolimie. Tam też w 1967 roku obronił doktorat z teologii. Tytuł pracy brzmiał: „Der Fundamentbegriff im Alten Testament. Archäologie und Exegese”. W latach 1967-1968 odbył studium i badania naukowe w Instytucie Badań Qumrańskich w Heidelbergu.  W 1973 roku obronił w Rzymie pracę doktorską z nauk biblijnych na podstawie rozprawy „Fundament, Bild und Metapher in den Handschriften aus Qumran. Studium zur Vorgeschichte des ntl. Begriffs themelios“.

3. Profesor

Po zakończeniu studiów wrócił do swojej rodzinnej diecezji chełmińskiej i rozpoczął w 1968 roku pracę w Wyższym Seminarium Duchownym w Pelplinie. Pełnił funkcję prefekta studiów i był jednocześnie wykładowcą Pisma Świętego. Pełnił także funkcję diecezjalnego referenta do spraw laikatu. Od 1973 roku był związany również z Akademią Teologii Katolickiej w Warszawie, gdzie został adiunktem przy katedrze biblistyki. Prowadził seminarium naukowe na teologii ogólnej stacjonarnej i zaocznej, a także na Studium Pastoralno-Biblijnym i specjalizacji biblistyki. W tym czasie przygotowywał pracę habilitacyjną na temat „Chrystus – fundament i kamień węgielny Kościoła w świetle tekstów qumrańskich” (1979 r.). W roku 1981 otrzymał nominację na stanowisko docenta, a w roku 1986 Rada Państwa nadała mu tytuł profesora nadzwyczajnego. W Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie, z którą związany był bardzo blisko aż do 1991 roku, pełnił funkcję prodziekana (1981-1983) a następnie dziekana (1985-1986) Wydziału Teologicznego. Był także kierownikiem Katedry Starego Testamentu przy Wydziale Teologii ATK oraz kuratorem archeologii chrześcijańskiej i równocześnie kierownikiem Katedry Archeologii Starożytnego Bliskiego Wschodu.

4. Biskup

W 1985 r. Jan Paweł II mianował Go biskupem pomocniczym diecezji chełmińskiej. Sakrę biskupią otrzymał w Uroczystość Zwiastowania Pańskiego – 25 marca 1985 r. w Pelplinie. Całe swoje dotychczasowe życie spędził na służbie słowu Bożemu zgłębiając je, medytując i wyjaśniając innym. Stąd chyba głębokie umiłowanie Pisma Świętego znalazło także swój wyraz w zawołaniu biskupim: In Verbo Tuo –  na słowo Twoje (Panie) oraz w symbolach jego herbu biskupiego.

Tarcza herbu podzielona jest na dwie części. W górnej (koloru złotego) widnieje otwarta księga (biała) Pisma Świętego nawiązująca do posługi słowa: Ecce venio, tzn. „Oto idę” (Hbr 10,7), które autor Listu wkłada w usta Chrystusa, są nawiązaniem do słów Psalmu 40: „Wtedy powiedziałem: Oto przychodzę; w zwoju księgi o mnie napisano: Jest moją radością, mój Boże, czynić Twoją wolę” (z liturgii uroczystości Zwiastowania Pańskiego, dnia konsekracji). Na dolnej części tarczy herbowej (koloru niebieskiego) jest łódź Piotrowa (złotego koloru). Jest to nawiązanie do opisanego w Ewangelii św. Łukasza (por. 5,4-11) cudownego połowu ryb. Szymon Piotr zniechęcony bezskutecznym łowieniem na zachętę Jezusa odpowiada: „Lecz na Twoje słowo zarzucę sieci”. Z Piotrowej wypowiedzi zostało zaczerpnięte hasło posługiwania biskupiego: In verbo Tuo –  „Na słowo Twoje”, umieszczone na wstędze pod tarczą herbową. 

Przez cztery lata pracował jako biskup pomocniczy w swojej rodzinnej diecezji chełmińskiej. Jako sufragan został mianowany proboszczem w parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa w Gdyni i wikariuszem biskupim dla Wybrzeża Gdyńskiego. Będąc biskupem pomocniczym przeprowadzał wizytacje pasterskie, przewodniczył uroczystościom parafialnym oraz nadal intensywnie pracował naukowo i dydaktycznie w Seminarium w Pelplinie oraz w Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. Ponadto kierował Diecezjalnym Studium Teologicznym w Gdyni, dokształcaniem teologicznym kapłanów i świeckiej inteligencji. 

 Dnia 23 grudnia 1987 r. został mianowany biskupem ordynariuszem diecezji włocławskiej. Pomimo licznych obowiązków związanych z codzienną posługą biskupią, nadal dojeżdżał do Warszawy, by prowadzić ze studentami zajęcia dydaktyczne na Akademii Teologii Katolickiej. Do najważniejszych momentów posługi w tej diecezji należy niewątpliwie pielgrzymka Ojca Świętego Jana Pawła II do Włocławka. Przygotowywał do niej rodzinę diecezjalną i zabiegał o to, by Kościół włocławski mógł jak najowocniej przeżyć spotkanie z Papieżem. Zewnętrznym wyrazem tej troski były między innymi radiowe i telewizyjne wystąpienia na temat Dekalogu, który stanowił główny przedmiot IV Pielgrzymki papieskiej do Ojczyzny. W tych katechezach starał się przybliżyć głębokie przesłanie biblijne zawarte w Dekalogu i jednocześnie usiłował ukazać głębię nauczania Ojca Świętego na temat „dziesięciu prostych słów Boga”. Katechezy biskupa włocławskiego znalazły szeroki oddźwięk wśród słuchaczy i telewidzów.

Jako biskup włocławski starał się o przeprowadzenie procesu beatyfikacyjnego bł. biskupa Michała Kozala i jego 114 towarzyszy męczeństwa. Jego otwarcia dokonał osobiście w katedrze włocławskiej dnia 26 stycznia 1992 roku. Natomiast po dwóch latach uczestniczył we Włocławku jako Arcybiskup i Metropolita Gnieźnieński w uroczystości zamknięcia procesu informacyjnego męczenników Kościoła w Polsce z okresu II wojny.

Dnia 25 marca 1992 r. w ramach reorganizacji administracyjnej Kościoła w Polsce Ojciec św. mianował Go Arcybiskupem Metropolitą Gnieźnieńskim. Po 173 latach jest pierwszym ordynariuszem rezydującym na stałe w Gnieźnie.

5. W służbie Kościołowi

Działalność Arcybiskupa Gnieźnieńskiego jest bardzo rozległa. Nie ogranicza jej tylko do Kościoła diecezjalnego. Abp Muszyński był członkiem Rady Stałej Episkopatu Polski, Rady II Ogólnopolskiego Synodu Plenarnego, pełnił funkcję w Podkomisji Biblijnej Episkopatu Polski.

Od 1989 do 1994 roku pełnił funkcję Przewodniczącego Komisji Episkopatu Polski do spraw Dialogu z Judaizmem. Na licznych spotkaniach z Żydami całego świata starał się im wytłumaczyć specyfikę problemów polskich, a Polakom – odczucia Żydów względem Polaków. Podejmowany od kilku lat dialog, dzięki jego czynnemu zaangażowaniu, przynosi owoce i pozwala właściwie spojrzeć i rozwiązać wiele problemów, które narosły przez wieki między Polakami i Żydami. Chociaż nie pełni już funkcji przewodniczącego wspomnianej Komisji, nadal służy radą i doświadczeniem w pracach na rzecz dialogu. Otwarty w październiku 1994 roku Instytut Dialogu Katolicko-Żydowskiego w Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie jest również jego zasługą. Zabiegał o to bowiem wiele lat, jeszcze jako profesor tejże Akademii.

Czterokrotnie był jednym z delegatów Episkopatu Polski na Światowy Synod Biskupów. Najpierw w roku 1990, podczas VIII Światowego Synodu Zwyczajnego, który poświęcony był formacji kapłanów. Owocem tego Synodu (30.09-28.10.1990), podczas którego pełnił funkcję Sekretarza Specjalnego, była adhortacja apostolska Pastores dabo vobis, w której przygotowaniu Ksiądz Arcybiskup brał czynny i bezpośredni udział. Kolejne trzy Światowe Zwyczajne Synody Biskupów, w których wziął udział jako delegat z Polski, odbyły się w latach: 1994, 2001 i 2005. Ponadto, przez trzy kolejne kadencje 1990-1994, 1994-2001 oraz 2001-2005, był członkiem Rady Stałej Synodu Biskupów.

 W marcu 1994 roku na 268 Plenarnej Konferencji Episkopatu Polski został wybrany Wiceprzewodniczącym Konferencji Episkopatu Polski (do 1999) i Przewodniczącym Komisji Episkopatu Polski do spraw Nauki Katolickiej (do 2002), a także od 1994 do 2005 r.  Współprzewodniczącym Zespołu do spraw Kontaktów Episkopatów Polski i Niemiec (tzw. Grupa Kontaktowa).

W czerwcu 1994 roku został mianowany przez Ojca Świętego Jana Pawła II członkiem Papieskiej Rady ds. Popierania Jedności Chrześcijan, której członkiem jest do dziś.

W latach 1994-1999 roku pełnił funkcję Wiceprzewodniczącego Rady Naukowej Episkopatu i był członkiem Komisji Duszpasterstwa Ogólnego. Od 1996 do r. 2000 był także Przewodniczącym Krajowego Komitetu Organizacji Wielkiego Jubileuszu Roku 2000. Od 1999 do 2005 pełnił stanowisko Delegata Konferencji Episkopatu Polski ds. kontaktów z Komisją Episkopatów Wspólnoty Europejskiej (COMECE).

We wrześniu 2002 roku został mianowany przez Ojca św. Jana Pawła II członkiem Kongregacji Nauki Wiary, w której pracach uczestniczył do roku 2010.

W marcu 2010 roku Przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski Arcybiskup Józef Michalik powierzył Księdzu Prymasowi funkcję przewodniczącego Zespołu ds. rozmów z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym.

Jest organizatorem i gospodarzem znanych już nie tylko w Polsce, ale i w Europie  Zjazdów Gnieźnieńskich, będących kontynuacją I Zjazdu Gnieźnieńskiego, który odbył się w marcu 1000 r. i oznaczał przyjęcie Polski do grona państw europejskich. II Zjazd Gnieźnieński przygotowany przez Księdza Arcybiskupa odbył się w dniu 3 czerwca 1997 r., w tysięczną rocznicę śmierci św. Wojciecha. Uczestniczył w nim Ojciec Święty Jan Paweł II i siedmiu prezydentów Europy Środkowej i Wschodniej (prezydent Polski - Aleksander Kwaśniewski, Czech - Vaclav Havel, Niemiec - Roman Herzog, Węgier - Arpad Goencz, Słowacji - Michal Kovacz, Litwy - Algirdas Brazauskas i Ukrainy - Leonid Kuczma). Kolejne zjazdy odbyły się w latach: 2000 (obok Legata papieskiego, kard. Angelo Sodano, wzięli w nim udział prezydenci pięciu państw europejskich: Litwy, Niemiec, Słowacji, Węgier i Polski), 2003, 2004, 2005 i 2007. Kolejny, VIII Zjazd Gnieźnieński, odbył się w dniach od 12 do 14 marca 2010 r. pod hasłem: „Rodzina nadzieją Europy”. Najbliższy IX Zjazd Gnieźnieński odbędzie się w dniach 16-18 marca 2012 roku pod hasłem „Europa obywatelska. Rola i miejsce chrześcijan”.

Na przestrzeni wielu lat swej posługi w Gnieźnie Arcybiskup Henryk Muszyński podejmował starania w Stolicy Apostolskiej, aby ze względów historycznych i prawnych tytuł Prymasa Polski wrócił do arcybiskupów gnieźnieńskich. Ojciec Święty Benedykt XVI podtrzymał wielowiekową, nieprzerwaną tradycję, która łączy prymasostwo z Gnieznem jako kolebką naszego państwa i pierwszą metropolią Kościoła katolickiego w Polsce, gdzie znajdują się relikwie św. Wojciecha – pierwszego patrona naszej Ojczyzny. Decyzją Papieża, po ukończeniu przez kardynała Józefa Glempa osiemdziesiątego roku życia, tj. od dnia 19 grudnia 2009 r., tytuł Prymasa Polski został na stałe związany z arcybiskupem gnieźnieńskim. Oznacza to, że ks. abp Henryk Muszyński tego dnia stał się 55 Prymasem Polski. Dnia 8 maja 2010 r. ks. abp przeszedł na emeryturę.

6. Pasterz

Pomimo wielu wyjazdów zagranicznych i udziału w sympozjach i konferencjach międzynarodowych Ksiądz Arcybiskup na pierwszym planie stawia posługę w archidiecezji. W pierwszych miesiącach swojego pasterzowania w archidiecezji gnieźnieńskiej odbywał regularne spotkania z kapłanami wszystkich dekanatów. Atmosfera tych spotkań była bardzo pozytywnie oceniana przez księży.

Od samego początku podjął Ksiądz Arcybiskup decyzję o reorganizacji Kurii Metropolitalnej. Wyrazem tego było nie tylko personalne obsadzenie niektórych stanowisk, ale również utworzenie nowych wydziałów, zwłaszcza tych, które są konieczne w obecnej strukturze administracyjnej i duszpasterskiej Kościoła.

W trosce o przekazanie przyszłym pokoleniom bogatego dorobku piśmiennictwa, które posiada archidiecezja gnieźnieńska, Ksiądz Arcybiskup podjął w listopadzie 1994 roku historyczną decyzję o przeniesieniu zbiorów Archiwum Archidiecezjalnego do nowych pomieszczeń, odpowiednio przygotowanych do przechowywania tego typu zabytków.

Szczególną troską otacza Ksiądz Arcybiskup seminarium duchowne. Wyrazem tego są spotkania z alumnami w kaplicy na Mszy św., udział w konferencjach z profesorami seminarium. Zawsze żywo zainteresowany jest życiem w seminarium i pracą duchowo-intelektualną alumnów.

Stara się też zachować żywy kontakt z kapłanami. W przedpołudnia, gdy nie ma posługi w parafiach, przyjmuje kapłanów, rozmawia z nimi, dzieli ich radości i troski. Często odwiedza parafie, by spotkać się z kapłanami i wiernymi. Przeglądając diariusz jego posług w archidiecezji można zauważyć, że wiele czasu poświęca wizytom pasterskim w parafiach. Swoją pamięcią ogarnia Ksiądz Arcybiskup także kapłanów seniorów i tych, którzy znajdują się już w stanie spoczynku. Zewnętrznym tego wyrazem jest pamięć o ich imieninach, przeżywanie z nimi wieczerzy wigilijnej. Aby zapewnić jak najlepsze warunki mieszkaniowe księżom emerytom, z zapałem kontynuował budowę domu emerytów w Gnieźnie (rozpoczętą przez ks. kard. Glempa), i wraz z kapłanami cieszył otwarciem domu w 1997 r.

Wielką troską obejmuje Ksiądz Arcybiskup powierzonych sobie wiernych świeckich. Częste spotkania z nimi w Gnieźnie albo przy okazji wizyt w parafiach, zacieśniają więź ze swoim Pasterzem, pozwalają się bliżej poznać i lepiej zrozumieć. Te spotkania ułatwiają poznanie wielu problemów, które nękają wiernych.

Wyrazem pasterskiej troski Księdza Arcybiskupa o powierzony Kościół gnieźnieński są listy i odezwy kierowane do kapłanów i wiernych archidiecezji z racji świąt lub też ważnych wydarzeń w życiu Kościoła i Ojczyzny.

Z wielkim zapałem przygotował uroczystości tysiąclecia śmierci św. Wojciecha, którą przeżywaliśmy pod przewodnictwem Ojca św. w 1997 roku. Jest inicjatorem powstania i zwołania Europejskiego Komitetu Obchodów Tysiąclecia Śmierci Św. Wojciecha.

Wyrazem przygotowań do jubileuszu tysiąclecia śmierci św. Wojciecha i podjęcia nowej ewangelizacji były radiowe katechezy biblijne, których był nie tylko inicjatorem i gorącym propagatorem, ale także jednym z prelegentów.

W perspektywie Jubileuszu Tysiąclecia męczeńskiej śmierci św. Wojciecha oraz mając na względzie zbliżający się przełom wieków i nadejście 2000 roku od Narodzenia Chrystusa, w dniu 2 lutego 1995 roku, w Święto Ofiarowania Pańskiego, zwołał III Powojenny Synod Archidiecezji Gnieźnieńskiej i w tym celu powołał Synodalną Komisję Przygotowawczą.  Trzykrotnie, jako Pasterz diecezji podejmował Ojca św. Jana Pawła II - w 1992 r. we Włocławku, 1997 r. w Gnieźnie i w 1999 r. w Bydgoszczy, biorąc żywy udział w pracach Komisji Episkopatu Polski do spraw Organizacji Pielgrzymki Papieskiej.

W roku 2009 Arcybiskup Muszyński był inicjatorem obchodów 1010. rocznicy kanonizacji św. Wojciecha, Biskupa i Męczennika – głównego Patrona Polski, Archidiecezji i Metropolii Gnieźnieńskiej. Na obchody tej rocznicy Ksiądz Arcybiskup zaprosił do Gniezna, do grobu Świętego Męczennika przedstawicieli parafii z Polski i Europy, którym patronuje św. Wojciech. W czerwcu tego samego roku archidiecezja gnieźnieńska świętowała pod przewodnictwem swojego Pasterza 30. rocznicę pierwszej pielgrzymki Ojca Świętego Jana Pawła II do Ojczyzny i do Gniezna. To właśnie w czasie tej pamiętnej pielgrzymki na Wzgórzu Lecha w Gnieźnie Papież – Słowianin „odsłonił duchową jedność chrześcijańskiej Europy”, ukazując jednocześnie św. Wojciecha jako Patrona tejże jedności oraz Patrona coraz pełniej jednoczącego się Kościoła.

Ksiądz Arcybiskup podjął również starania o ożywienie kultu bł. Michała Kozala, biskupa i męczennika, który został obrany za patrona wszystkich wiernych umęczonych w czasie II wojny światowej na terenie Metropolii Gnieźnieńskiej.

7. Naukowiec

Biegła znajomość języków biblijnych i nowożytnych pozwala mu na bardzo szerokie kontakty międzynarodowe. Wygłasza często referaty na sympozjach krajowych i międzynarodowych, chociażby w takich miastach jak: Praga, Monachium, Wiedeń, Rzym, Mediolan, Asyż, Genewa, Londyn, Jerozolima, Chicago.

W roku 2000, w milenium historycznego spotkania cesarza Ottona III z władcą Polski Bolesławem Chrobrym u grobu św. Wojciecha w Gnieźnie, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu pod przewodnictwem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Aleksandra Kwaśniewskiego, Rządu Rzeczypospolitej Polskiej i Parlamentu Polskiego, powołał do życia Collegium Europaeum Gnesnense. Znaczący wkład w powołanie tego ośrodka naukowego miał również Ksiądz Arcybiskup Muszyński.

Jest również laureatem wielu różnych nagród, medali i wyróżnień, min.: nagrody naukowej imienia Leopolda Lucasa –  Fakultetu Protestanckiego Uniwersytetu w Tybindze za zasługi w dziedzinie wzajemnego porozumienie polsko-żydowskiego (Tybinga 1997); nagrody Polskiego Stowarzyszenia Konserwatorów Zabytków imienia Księdza prof. Janusza Stanisława Pasierba: Conservator Ecclesiae za zasługi na polu konserwacji zabytków, a zwłaszcza Katedry Gnieźnieńskiej (Kraków 1998); odznaki  Zasłużony dla Miasta, Województwa i Regionu (Bydgoszcz 1998); Gnieźnianin Roku 1995; Honorowy Obywatel Włocławka (1992), Kościerzyny (1998), Mogilna (2002), Gniezna (2007) i Gołańczy; medale Buber – Rosenzweig – Medaille, przyznanego przez Niemiecką Radę Koordynacji Towarzystw Współpracy Chrześcijańsko-Żydowskiej, za budowanie porozumienia między chrześcijanami i Żydami oraz Polakami i Niemcami (Berlin 1999).

Odznaczony przez prezydenta Niemiec Wielkim Krzyżem Zasługi z Gwiazdą Republiki Federalnej Niemiec (2001). Odznaczony przez prezydenta Polski Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski (2002). W roku 2003 Wydział Teologiczny Uniwersytetu Friedricha Wilhelma w Bonn uhonorował go tytułem doctor honoris causa.

Dnia 21 kwietnia 2004 r. został odznaczony Medalem Kazimierza Wielkiego za zasługi dla miasta Bydgoszczy, 29 listopada 2004 r. uhonorowany najwyższym wyróżnieniem Towarzystwa im. Hipolita Cegielskiego w Poznaniu – Statuetką Złotego Hipolita i godnością Wybitnej Osobistości Pracy Organicznej. 23 kwietnia 2005 r. otrzymał Medal Koronacyjny za zasługi dla Grodu Lecha i jego mieszkańców. W dniu 20 kwietnia 2007 r. abp Muszyński otrzymał Nagrodę Wojewody Wielkopolskiego i Wielkopolskiego Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków za opiekę nad zabytkami w Województwie Wielkopolskim. Dzień później, 21 kwietnia otrzymał Złotą Odznakę Honorową Katolickiego Stowarzyszenia Civitas Christiana. Dnia 18 września 2007 został uhonorowany najwyższym wyróżnieniem Stowarzyszenia Biblistów Polskich „za wybitne zasługi dla biblistyki polskiej”. Od 24 października 2007 r. jest on laureatem nagrody Pontifici (Budowniczy mostów) Klubu Inteligencji Katolickiej w Warszawie, w uznaniu zasług w szerzeniu wartości dobra wspólnego, dialogu i poświęcenia na rzecz bliźnich. 23 kwietnia 2008 r. został on odznaczony honorową odznaką Za zasługi dla Związku Inwalidów Wojennych Rzeczypospolitej Polskiej, a 25 kwietnia 2008 r. Wydział Humanistyczny Uniwersytetu im. Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy przyznał mu tytuł doktora honoris causa.

Dnia 8 czerwca 2010 r., Marszałek Sejmu Bronisław Komorowski, wykonujący w tym czasie obowiązki Prezydenta RP, odznaczył ks. abp. Muszyńskiego Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi w działalności duszpasterskiej oraz w wielkim dziele budowy europejskiej wspólnoty ducha, za osiągnięcia w pracy naukowej i publicystycznej.

Od dnia 11 lutego 2011 r. ks. abp Muszyński jest Członkiem Honorowym Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk.

 W dniu 27 lutego 2011 r. ks. abp otrzymał Nagrodę Specjalną redakcji serwisu informacjelokalne.pl jako Człowiek Roku 2010. Jako uzasadnienie przyznania nagrody, dziennikarze wybrali słowa samego Ks. Arcybiskupa, wypowiedziane 10 maja 2010 roku na spotkaniu w Gnieźnie właśnie z dziennikarzami: Moja rola jako prymasa była symboliczna, ale bardzo ważna. Dlatego, że to jest połączenie tego, co historyczne z nową rzeczywistością. Warto sobie uświadomić, że oddzielnie prymasostwa od Gniezna trwało w istocie 171 lat. Moje zadanie polegało na tym, żeby ponownie związać prymasostwo z Gnieznem. To było pierwsze zadanie. A drugie zadanie żeby archidiecezja gnieźnieńska stała się taką archidiecezją jak wszystkie inne diecezje, które mają swojego ordynariusza na miejscu.

Senat Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu przyznał Księdzu Arcybiskupowi w dniu 28 lutego 2011 r. „Medal za Zasługi dla Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza” jako wyraz uznania dla prouniwersyteckiej postawy Księdza Arcybiskupa i w dowód wdzięczności za poparcie idei utworzenia w Gnieźnie zamiejscowej placówki Uniwersytetu – Kolegium Europejskiego im. Jana Pawła II. Uroczyste wręczenie medalu przez Jego Magnificencję Bronisława Marciniaka, rektora Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza odbyło się dnia 30 maja 2011 r. na uroczystym posiedzeniu Senatu UAM w Kolegium Europejskim im. Jana Pawła II w Gnieźnie.

Dnia 15 października 2011 roku Rektor Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie, ks. prof. dr hab. Henryk Skorowski wręczył ks. abp. Henrykowi Muszyńskiemu dyplom z nadaniem tytułu Przyjaciela UKSW, a 11 listopada 2011 r. ks. abp został uhonorowany Orderem św. Wiktorii – Pro Ecclesia Loviensi – za zasługi dla Kościoła Łowickiego przez ks. bp. Andrzeja Dziubę, Biskupa Łowickiego.

Ksiądz Arcybiskup dużo czasu poświęca na pracę naukową. W jego prywatnym gabinecie rodzą się artykuły, referaty na sympozja krajowe i zagraniczne, tutaj powstają teksty homilii i kazań.

Jest on autorem licznych prac naukowych: książek, artykułów w czasopismach polskich i zagranicznych, jest także autorem kilku haseł do Encyklopedii Katolickiej. W bogatej jego twórczości naukowej i popularno-naukowej dają się wyodrębnić następujące zasadnicze grupy tematyczne: prace z zakresu biblistyki, kapłaństwa, dialogu chrześcijan z wyznawcami judaizmu, duchowej jedności Europy. Liczba wszystkich publikacji (artykułów, wywiadów, recenzji, książek) wynosi obecnie ponad 390 pozycji.

Pomimo wielu obowiązków i piastowania odpowiedzialnych funkcji kościelnych nigdy nie zapomina o związkach ze swą Małą Ojczyzną – Kaszubami i rodzinną Kościerzyną.

W uznaniu znaczących zasług dla Kościoła Katolickiego Rada Miasta Kościerzyna w dniu 22 kwietnia 1998 roku podjęła uchwałę nr XLIV/293/98 o nadaniu Jego Ekscelencji Arcybiskupowi Henrykowi Józefowi Muszyńskiemu pierwszego po II wojnie światowej  tytułu Honorowego Obywatela Miasta Kościerzyna.

Uroczystość laudacyjna miała miejsce w dniu 17 maja 1998 roku w trakcie jubileuszu 600- lecia miasta Kościerzyny.